小儿容易腹泻是由于小儿消化系统发育尚未成熟，胃酸和消化酶分泌少，酶活力偏低，不能适应食物质和量的较大变化；生长发育快，所需营养物质相对较多，胃肠道负担重，容易发生消化道功能紊乱。
再者小儿机体防御功能较差，胃内酸度低，且婴儿胃排空较快，对进入胃内的细菌杀灭能力减弱。血中免疫球蛋白和胃肠道SIgA均较低。正常肠道菌群对入侵的致病微生物有拮抗作用，新生儿生后尚未建立正常菌群时或由于使用抗生素等引起肠道菌群失调时，均易患肠道感染。还有就是人工喂养，母乳中含有大量液体因子、巨噬细胞和粒细胞等，有很强的抗肠道感染作用。家畜乳中虽然也有上述成分，但在加热过程中被破坏，而且人工喂养的食物和食具极易污染，故人工喂养儿肠道感染发生率明显高于母乳喂养。
引起腹泻的原因有很多，可以将腹泻分为
感染性腹泻和非感染性腹泻。
肠内感染性腹泻（1）病毒性腹泻：是引起腹泻的主要原因，估计占感染性腹泻的80%，常见病毒有轮状病毒、腺病毒、冠状病毒、杯状病毒、星状病毒、诺瓦克病毒、小圆形病毒等。在病毒性腹泻中以轮状病毒性腹泻发病率最高，症状较重，在中国小儿腹泻病病原构成比中，轮状病毒约占40%左右，位居小儿腹泻病病原第一位。其他病原性腹泻、发病率低、症状多数也较轻。（2）细菌性腹泻：主要为致泻性大肠杆菌，它包括产毒素大肠杆菌、致病性大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌、吸附性大肠杆菌及出血性大肠杆菌五大类，其中产毒素大肠杆菌在两岁以下婴幼儿腹泻中占20%-28%，仅次于轮状病毒。其次是志贺氏菌属，由此菌属中引起的腹泻称为细菌性痢疾，大便性状多为黏液便或脓血便。此外还有沙门氏菌，还有空肠弯曲菌。（3）抗生素相关性腹泻：长期较大量的应用广谱抗生素，除可直接刺激肠道或刺激植物神经引起肠蠕动加快，葡萄糖吸收减少，双糖酶活性降低而发生腹泻。（4）其他感染：真菌和寄生虫感染也可引起腹泻肠道外感染性腹泻：患上呼吸道感染、中耳炎、肺炎、皮肤感染等，由于发热及病原体的毒素作用使消化道酶活性降低而肠蠕动增加致胃肠道消化吸收功能紊乱。非感染性腹泻（1）食饵性腹泻：由于婴幼儿喂养不当及食物性质的突然改变，尤其对新生儿更为明显。（2）糖原性腹泻：少数是由于先天性乳糖酶缺乏，而多数是肠道感染后，继发性双糖酶缺乏性腹泻。（3）过敏性腹泻：主要是牛奶过敏，喝牛奶后48小时内发生腹泻，国内较少见，国外报道较多，可占0.3%-7.5%4.其他腹泻
（1）内分泌障碍引起的腹泻：甲状腺功能亢进、肾上腺性腺综合症
（2）药物影响：拟胆碱药物、肾上腺素能阻断剂等可促进肠运作加快，某些清热解毒的凉性药可引起腹泻。