益生菌是定植于人体肠道和生殖系统的有益菌类，对人体健康有益，是具有低致病性的微生物。益生菌可以是单一菌株也可以是多种菌的复合。当前常用的益生菌为：a双歧杆菌；b乳酸杆菌。益生菌治疗功能性便秘在机制分析上主要有以下两点：首先，益生菌可改变便秘患者肠道菌群；其次，益生菌在改善代谢后会产生多种有机酸，进而降低肠腔内pH值，这样就发挥出调节肠道蠕动以及改善胃肠功能的作用。目前国内外研究主要是益生菌，通常服益生菌的治疗效果主要是用患者的以下指标：a每周排便次数；b便秘相关症状总评分；c粪便性状总评分。然而研究也发现，益生菌对功能性便秘患者的治疗效果会存在差异，主要制约因素在于样本量少、益生菌菌种不同、实验设计方法不同、给药持续时间不同、剂量不一。此外，每一位患者的体征不同也会导致实验结果不同。但研究总体表明，益生菌可以有效用于治疗功能性便秘。Coccorullo对44例便秘的婴儿分为和安慰剂组，记录婴儿周排便情况，发现乳酸杆菌组的排便频率在不同期间都要好于安慰剂组。
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